يؤدي الاعتماد على الحاسوب أحياناً إلى وقوع مشاكل أكبر، فمع وجود بيانات ومعلومات هامّة على شبكة الإنترنت قد يتيح هذا الأمر وجود فرص للمحتالين للحصول على البيانات الماليّة للشركات واستخدامها بطرق تؤثر على الشركات بشكل سيئ، بالإضافة إلى اختراق خصوصيّة أعمالها الاستثمارية ونشر المعلومات السريّة عنها، كما يُمكن سرقة الأموال من الإيداعات اليوميّة وتغيير البيانات الماليّة الموجودة على البرامج المختلفة.[٢]

 نظرًا لكونه نظامًا محاسبيًا قائمًا على برامج إلكترونية حديثة، فإن برنامج المحاسبة الإلكترونية يسمح بإدخال البيانات  الحسابية ومعالجتها وتخزينها والوصول إليها في الوقت الفعلي، استخدام نظام المحاسبة الإلكترونية يوفر على الشركات الوقت حيث يمكن للمحاسبين معالجة المزيد من البيانات بشكل أسرع مما يوفر الكثير من الوقت الذي كان يتم فيه مراجعة البيانات الحسابية وكذلك يوفر الجهد.

تتمتع برامج المحاسبة الإلكترونية بدقة عالية، حيث تساعد هذه الدقة على إنجاز العمليات المحاسبة بدون أخطاء للتسهيل على طالب الخدمة والمحاسبين.

على الرغم من مميزات نظام المحاسبة الإلكترونية، إلا أنها تأتي أيضًا مع عدد من العيوب التي يجب مراعاتها:

التحديثات القانونية التلقائية: يتم تحديث الأنظمة بآخر القوانين الضريبية لتجنب الأخطاء.

 أي نظام يعمل بشكل إلكتروني فهو عرضة لمواجهة مشاكل فنية في أي وقت، وبالمثل، أثناء استخدام برنامج المحاسبة الإلكترونية، يمكن أيضًا مواجهة العديد من الأخطاء الفنية مثل مشكلات الخادم، وانقطاع التيار الكهربائي، وأخطاء البرامج، وما إلى ذلك.

تقدم الأنظمة المحاسبية تقارير دورية حول حالة الأمان، تُظهر مدى سلامة البيانات وأي محاولات وصول غير مشروعة تم منعها.

وظائف نظم المعلومات المحاسبية في المحاسبة الالكترونية 

 يلغي برنامج المحاسبة الإلكتروني الإمارات إمكانية حدوث خطأ بشري وهو أمر شائع جدًا في المحاسبة اليدوية، حيث يمكن الاعتماد بشكل كامل على البيانات والتقارير الدقيقة التي تم إنشاؤها من قبل هذا النوع من أنواع المحاسبة.

ها هي بعض أنواع نور الامارات برامج المحاسبة الإلكترونية التي تستخدم على نطاق واسع:

عند استخدام المحاسبة التقليدية اليدوية يشعر الكثير من المحاسبين بالرتابة والملل من إجراء العديد من الحسابات ولذلك تهدف المحاسبة الإلكترونية إلى تخلص المحاسبين من الرتابة والملل خلال العمل وخلال القيام بالمحاسبة الخاصة بشركتهم.

برامج الحوسبة السحابية: وهي برامج تتيح بشكل أساسي تخزين ومعالجة البيانات على الإنترنت، وهي خدمات سحابية تستخدمها الشركات بدلا من شراء مراكز البيانات.

يُعيق المحاسبة الالكترونية مجموعة من السلبيات وأبرزها بطء عمل أنظمة المحاسبة الإلكترونية أحيانًا أو التعطل عن التشغيل كليًا، عدم توافق بعض برامج المحاسبة الالكترونية مع نظام الدورة المحاسبية، إنعدام القدرة على ضبط صلاحيات المستخدمين أو التحكم فيها وإزالة البيانات المسجلة تلقائيا وعدم القدرة على ربط البرنامج على أكثر من جهاز.

يواجه بعض المستخدمين صعوبة في تطبيق طرق المحاسبة الإلكترونية نتيجة كثرة القوائم المنبثقة وطرق الإدخال المعقدة التي تتطلب المزيد من الخطوات، وفي هذه الحالة تنعكس ميزة المحاسبة الالكترونية في تلافي أخطاء العمل المحاسبي اليدوي إلى ضرر نتيجة التشتت في استخدام الطرق المحاسبية الإلكترونية مما ينتج عنها الكثير من المغالطات الحسابية.